庶務係

1. 総会、役員会及び会員に関すること。
2. 公印の保管に関すること。
3. 予算の編成及び執行に関すること。
4. 厚生労働省、京都府、国保中央会その他関係機関との連絡に関すること。
5. 事務所、物品及び文書の管理に関すること。
6. 個人情報保護マネンジメントシステム（PMS）に関すること。
7. 負担金の賦課に関すること。
8. その他本会目的達成のため他課に属さない事項。

企画労務係

1. 規約、規則、規程の制定及び改廃に関すること。
2. 予算の編成に関すること。
3. 補助金、登記、認可、契約及び届出に関すること。
4. ホームページの維持管理に関すること。
5. 職員の人事、給与、労務及び衛生に関すること。
6. 職員の共済、福利、厚生及び研修に関すること。

財務係

1. 金銭の出納管理に関すること。
2. 有価証券の保管並びに財産の管理に関すること。
3. 資金の調達及び運用に関すること。
4. 負担金、手数料、診療報酬、公費負担医療費、介護給付費及び障害介護給付費等の収納支払に関すること。
5. 決算に関すること。
6. 融資基金の運営事務に関すること。
7. 高額療養費貸付事業に関すること。
8. その他会計に関すること。

企画推進係

1. 保険者の事務・技術職員の研究、研修に関すること。
2. 広報活動に関すること。
3. 保健事業の推進、充実及び調査、研究に関すること。
4. 特定健診・特定保健指導の調査、研究に関すること。
5. 医療保険者協議会の運営に関すること。
6. 診療施設に関する保健事業の推進、充実及び職員の研究、研修に関すること。
7. その他の事業の企画、国保制度の振興に関すること。

保健事業係

1. 市町村保健師協議会及び在宅保健師の会の運営に関すること。
2. 国保データベース（ＫＤＢ）システムに関すること。
3. 保健事業推進研修会に関すること。
4. 保健事業支援・評価委員会に関すること。
5. 調査統計に関すること。

レセプト点検係

1. 保険者レセプト点検事務に関すること。
2. その他保険者の支援に関すること。

求償係

1. 第三者行為求償事務に関すること。

システム管理係

1. 保険者ネットワークに関すること。
2. 国保総合システムに関すること。
3. 情報セキュリティ管理に関すること。

情報管理係

1. 全国決済事務に関すること。
2. 電子計算事務に関すること。
3. 共同電算処理に関すること。
4. 診療報酬、公費福祉負担医療及び審査支払手数料等の請求、支払に関すること。
5. 調査統計に関すること。
6. レセプト電子請求及びオンライン請求に関すること。
7. 国保情報集約事務共同電算処理に関すること。
8. その他関係機関との連絡調整に関すること。

介護管理係

1. 介護給付費等にかかる指定サービス事業者等及び障害介護給付費等にかかる指定サービス事業者等の確認に関すること。
2. 介護給付費等の審査支払事務及び障害介護給付費等の審査支払事務に関すること。
3. 介護給付費等にかかる第三者行為求償事務に関すること。
4. 介護給付費等及び障害介護給付費等にかかる保険者事務共同処理事業に関すること。
5. 介護給付費等審査委員会の運営に関すること。
6. 介護サービスの苦情処理業務に関すること。
7. 介護サービス苦情処理委員会の運営に関すること。
8. 保険料の特別徴収等各種経由事務に関すること。
9. その他関係機関との連絡調整に関すること。

審査管理係

1. 診療報酬審査委員会並びに診療報酬再審査部会の運営に関すること。
2. 診療報酬審査支払事務にかかる関係諸機関との連絡・調整に関すること。
3. 審査支払事務の企画及び総合調整に関すること。
4. その他審査支払事務に関し、他課に属さない事項。

調整係

1. 過誤調整及び保険者間調整に関すること。
2. 係の分掌する事務にかかる関係諸機関との連絡調整に関すること。

第一係

1. 医科及び調剤にかかる保険医療機関等の確認に関すること。
2. 前号に対する診療報酬等の請求書、同明細書の審査、支払事務に関すること。
3. 医科及び調剤にかかる関係諸機関との連絡調整に関すること。

第二係

1. 医科及び調剤にかかる保険医療機関等の確認に関すること。
2. 前号に対する診療報酬等の請求書、同明細書の審査、支払事務に関すること。
3. 医科及び調剤にかかる関係諸機関との連絡調整に関すること。

第三係

1. 医科及び調剤にかかる保険医療機関等の確認に関すること。
2. 前号に対する診療報酬等の請求書、同明細書の審査、支払事務に関すること。
3. 医科及び調剤にかかる関係諸機関との連絡調整に関すること。

第一係

1. 歯科にかかる保険医療機関等の確認に関すること。
2. 前号に対する診療報酬等の請求書、同明細書の審査、支払事務に関すること。
3. 係の分掌する事務にかかる関係諸機関との連絡調整に関すること。

第二係

1. 柔道整復療養費に係る審査支払に関すること。
2. その他の療養費の受付、審査、請求事務に関すること。
3. 柔道整復療養費審査委員会の運営に関すること。
4. 出産育児一時金等の支払事務に関すること。
5. 諸法にかかる請求書等審査、支払事務に関すること及び保険医療機関等の確認に関すること。
6. 訪問看護の受付、審査、請求事務に関すること。
7. 重度心身障害老人健康管理事業の給付にかかる保険医療機関等への支払事務に関すること。
8. 係の分掌する事務にかかる関係諸機関との連絡調整に関すること。