連合会電算処理の変遷は、昭和56年度の主たる業務である診療報酬審査支払事務(計算事務)の電算処理移行を皮切りに、平成元年(4月診療分)には、保険者の国保事務のうち、各保険者共通の事務について一元的に処理を行う保険者事務共同電算処理を始め、保険者での制度改正ごとのシステム変更と多様化するニーズに応えていった。
また、各都道府県国保連合会で共通する基本システムを国保中央会で一括開発し、制度改正への対応や各種医療情報を提供する「新・保険者事務共同電算処理システム」の請求支払系処理を平成18年7月に導入、平成20年度からは同システムの共同事務系処理についても順次移行した。平成23年5月からは「国保総合システム」を導入し、それに伴い、電子レセプト及び紙レセプトの情報を画像(データ)化してペーパーレス化を行った。
今後も、医療費適正化対策の総合的な推進と保険者の国保事務の円滑な運営に向け、保険者事務共同電算処理事業の拡充を図っていく。